In 1856 huurden twee spoorwegbeambten, de heren van den Bergh en van der Valk, een spoortuintje in de Rotterdamse binnenstad om hun verzameling exotische vogels onder te brengen. Deze hobby groeide uit tot de oprichting van 'De Rotterdamsche Diergaarde' in 1857.
De eerste directeur, Henri Martin, was in feite leeuwentemmer van beroep. Geleidelijk aan vond er uitbreiding van de dierentuin plaats: een groot apenhuis, roofdierengebouw, vogelhuis en een reptielenhuis. In 1937 besloot het gemeentebestuur van Rotterdam dat de Diergaarde uit het stadscentrum moest wijken voor stedelijke bebouwing. Het jaar erop begon men met de bouw van de nieuwe Diergaarde 'Blijdorp', genoemd naar de polder Blijdorp, waar de tuin nog steeds gehuisvest is. Tijdens de bouw bombardeerden de Duitsers de binnenstad en daarmee ook de Diergaarde. De chaos was enorm en vele dieren overleefden het bombardement en de vuurzee niet. Voor zover mogelijk werden de overlevende dieren overgebracht naar Blijdorp, waar men nog volop bezig was met de bouw van de nieuwe tuin. Op 7 december 1940 werd de nieuwe Diergaarde officieel geopend.

Sinds 1988 werkt Blijdorp aan de ontwikkeling en uitvoering van een omvangrijk vernieuwingsprogramma. Dit heeft het beeld van de Diergaarde ingrijpend veranderd. In de nieuwe delen van de tuin zijn de dieren te zien in een zo natuurlijk mogelijke leefomgeving. Deze gebieden, of kleine landschappen, zijn geografisch gerangschikt naar werelddelen. De bewoners van de werelddelen Australië, Europa en Noord- en Zuid-Amerika kun je hier in deze dierentuin tegenkomen. Sinds kort werd ook een hele savannegebied geopend.
De bekendste inwoner van de zoo is zonder twijfel Bokito, de gorilla die enkele jaren geleden alle aandacht opeiste door zijn ontsnappingspoging.